Năm 2007, trường THCS Nậm Khăn được thành lập trên cơ sở chia tách từ trường THCS Chà Tở,  theo Quyết định số 525/QĐ-UBND của UBND huyện Mường Chà, ngày 05/06/2007, nay trường mang tên trường PTDTBT THCS Nậm Khăn, tọa lạc trên một khuôn viên khá đẹp tại xã Nậm Khăn, huyện Nậm Pồ, tỉnh Điện Biên.
          Hiện nay (Năm học 2016-2017 ) trường PTDTBT THCS Nậm Khăn có 20 lớp với 357 học sinh.  Được sự quan tâm của chính quyền, sự hỗ trợ tích cực của Sở Giáo dục và Đào tạo, cùng với sự năng nổ, nhiệt tình, hết lòng vì tập thể của Ban Giám hiệu, trường đã được sửa sang và xây dựng lại khang trang hơn, tạo điều kiện tốt cho thầy trò yên tâm dạy và học.
          Là cơ sở giáo dục. Nhà trường luôn đặt vấn đề chất lượng giáo dục lên hàng đầu. Để làm tốt công tác này, Ban Giám hiệu đã luôn sâu sát trong chỉ đạo chuyên môn cũng như các công tác giáo dục đạo đức học sinh.Thực hiện đổi mới phương pháp dạy học, từ khi thành lập đến nay, nhà trường thường xuyên tổ chức sinh hoạt chuyên môn các nhóm, tổ và cụm, thực hiện 100% các tiết dạy đều có đồ dùng dạy học, ngoài việc tận dụng hết đồ dùng dạy học mà trường có, giáo viên còn tự làm thêm nhiều đồ dùng có chất lượng, phục vụ tốt cho việc dạy và học. Tiếp cận với công nghệ thông tin, hầu hết các tổ chuyên môn đều có nhiều tiết dạy bằng giáo án điện tử. Những tiết học này đã thực sự gây hứng thú cho cả thầy và trò.
          Với một đội ngũ giáo viên trẻ đầy nhiệt huyết và yêu nghề, với truyền thống hiếu học của học sinh, trường đã đạt được nhiều kết quả tốt. Tỉ lệ học sinh tốt nghiệp hàng năm luôn đạt 100%. Kết quả thi học sinh giỏi các cấp luôn đạt kết quả kha cao.
          Công tác Đội và phong trào thiếu nhi của trường cũng rất sôi nổi. Liên đội luôn tổ chức các hoạt động vui chơi cho các em học sinh để thu hút những em Học sinh vùng cao mạnh dạn hơn trong các hoạt động. Có được kết quả tốt đẹp như vậy là nhờ có sự quan tâm sâu sát của Chi bộ nhà trường, của Ban Giám hiệu, sự nhiệt tình, giàu kinh nghiệm của đồng chí Tổng phụ trách và sự hết lòng vì học sinh của tập thể giáo viên, cán bộ, nhân viên nhà trường.
          Công tác xây dựng Đảng, xây dựng đoàn thể vững mạnh luôn được tập thể Ban Giám hiệu và cán bộ, giáo viên nhà trường chú trọng thực hiện. Nhờ vậy chi bộ nhà trường nhiều năm liên tục đạt “Chi bộ trong sạch- vững mạnh”. Công đoàn nhà trường liên tục đạt Công đoàn vững mạnh. Với sự đoàn kết nhất trí cao, sự nỗ lực không ngừng của mỗi cá nhân, năm học này trường PTDTBT THCS Nậm Khăn tin tưởng sẽ gặt hái những kết quả tốt đẹp hơn nữa.